Hikaye dünyanın en nadir bulunan,en esrarengiz Pokemon olan Lugia’yı yakalama soruşturmasını üstlenen Pokemon Toplayıcısı Jirarudan’a başlar. Lugia daha önce hiçbir insan tarafından görülmemiş ama üç Efsanevi Kuş’un Lugia’nın ortaya çıktığı yerde biraraya geldiği yazılmıştır. Bu yüzden Efsanevi Kuş’ların kendi adası vardır. Biraraya gelecek olursalar sonuç bir felaket olurdu. Jirarudan Moltres’ın bulunduğu Fire Adası’na yaklaşmaya başlar ve adayı buzla dondurarak Moltres’ı yaralar. Jirarudan elektirkli bir ağla Moltres’ı bu güçsüz durumundan faydalanarak yakalamaya çalışır. Jiraru’dan ve uçan kalesi esrarengiz Zpados’u yakalamak için Thunder Adası’na doğru yol alırlar. Aniden hava kötüleşir. Ash, Kenji ve Misty Mic-Chan adlı bir rehber kumandasında Ashia Adası’a gitmektedirler. Gemileri kasırganın tam ortasında çırpınırken Mc-Chan tüm yeteneğini kullanarak gemiyi kıyıya ulaştırır. Ash ve çetesi pokemonları toplarından çıkarıp ayaklarını germelerine izin verirler. Fırtına bile Team Rocket’i onlardan uzak tutmaya yetmezdi; denizaltıları Mecha-Magikarp’ta Ash ve çetesini izliyorlardı. Team Rocket de bir biçimde aynı fırtınaya yakalanırlar ve bir kayaya çarparak denizaltının kontrolünü kaybederler. Suyun üzerinde yüzerken, bir Magikarp okuluna çarpıp kayalara doğru sürüklenirler. Zavallı Team Rocket:-Misty’nin annesi güneşin altında dinlenirken, Pokemon Profesörü Prof.Oak bisikletiyle gelir ve güzel havadan laf açar. Aniden bir grup Diglett’in sokakları ezercesine yürüyüşleri duyulur ve gelip Oak’ın bisikletini alarak güneşin batışına doğru yol aldıkları görülür. Prof.Oak şaşkın bakışlarla Diglettlerin ardından gelen Pokemon sürüsünü görür. Prof.Oak ve Misty’nin annesi şaşkın vaziyette yazın ortasında yağmaya başlayan karı farkederler. Diğer yandan Ash ve arkadaşları Ashia Adasına çıkmışlardır. Hasara uğramış gemiden inerken etrafları garip giyinimli bir çeşit rahip grubuyla sarılır. Rahiplerden biri maskesini çıkarır ve Ash’le arkadaşlarına Pokemon Tanrıları şerefine düzenlenen festivalden söz eder. Ash ve arkadaşları, merasimin Miko’su Furura adlı bir genç kızla tanışırlar. Furura Ash’ten hoşlanmış gibidir ve Misty’ye onun Ash’in kız arkadaşı olup olmadığını sorar. Herkes kumsal boyunca yürüyüp merasimin olacağı yere doğru giderler. Ash kumsalda, bir pokemon eğitmeni olduğunu (Misty’den başka bir tek oydu), Efsanevi Kuşlar’ın adasından güç kritallerini geri almak için seçildiğini anlatır. Fırtınanın havada ve denizdeki etkileri güçlerindeki dengesizlikten ileri gelmiş ve 3 kayayı biraraya getirmek havayı yumuşatabilir gibi görünüyordu.
Hiç bir zaman bir ateş tanrısını, bir kasırga tanrısını ya da bir buz tanrısını yakalama. Denersen öfkelerini uyandırır ve deniz tanrısı Cennet ve Evreni yerler bir eder. Dünya bir harabeye döner.
Ash ve Mc-Chan gemiye binip rotalarını Fire Adasına doğru çevirdiler, fırtına hala hiddetini korurken Team Rocket ’de onların ardından izliyorlardı. Ash adaya ulaşınca gemiden çıkıp güç kristalini bulacağı, Moltres türbesinin bulunduğu dağın merdivenllerini hızla çıkmaya başlar. Fururra ve Misty adaya gitmek için daha iyi bir gemi bulmaya karar verirler. Team Rocket ’de Ash’in hemen ardından merdivenleri çıkmaya başlarlar. Aynı zamanda Fururra’nın gemisi yakaladığı ani bir rüzgarla dağda koca bir delik açar. Tam Ash güç taşını alıp adaya geri dönmeye hazırlanırken efsanevi üç kuştan biri olan Zapados, aniden beliriverir. Zapados korkmuştur ve Moltres’ı aramaktadır. Zapados tek iletişim yolu olan yıldırımlarıyla Ash’e saldırır. Pikachu Zapados’la konuşmayı denemeye karar verir ve havaya yıldırımlar saçarak neden orda olduklarını ve ne bildiklerini anlatmaya çalışır. Pikachuyla Zapados’un diyaloğu Zapados’un elektrik yıldırımlarının gökyüzüne doğru dönmesiyle sona erer. Ash ve Pikachu Jirarudan’n Hikoukyu’suna bakarlar. Zapados’a saldırır ve akranı Moltres gibi yakalanır. İkisi de uçan kale içine hapsedilmişlerdir. Şimdi Ash ve arkadaşları doğadaki dengesizliklerin nelere sebep olabileceğini anlarlar ve görevleri kuşları onları esir edenden kurtarmak olarak değiştirirler.
Ash ve arkadaşları Team Rocket ’in de yardımıyla kaleye , efsanevi kuşların tutulduğu yere ulaşırlar. Elktrikli alanda alıkonmuş, hapsolmuşlardır. Çete, pokemonlarının saçma davranışlarını gözlemlerken, efsanevi kuşlar arasındaki dengesizliğin, pokemonların davranışlarını etkilediğini farkederler. Aynı zamanda Prof.Oak da aynı şeyi dünyanın diğer ucunda korkmuş onca insanın üzerinde denemektedir. Ash ve çetesi efsanevi kuşları özgür bırakmayı başarırlar. Kuşlar, korkmuş ve şaşırmış olduklarından daha kaleyi terketmeden önce Ash’le arkadaşlarına saldırırlar. Kaleden çıkar çıkmaz Zapados ve Moltres Articuno ile karşılaşırlar. Üç efsanevi kuş dev gibi bir girdap oluşturarak oradan uzaklaşırlar.
Denizde oluşan girdabın tepesinde Lugia belirir. Furura onlara Lugia’dan ve onun varlığının dünyanın sonuna işaret ettiğinden söz eder. Ash Lugia’ya doğru uçup Jirarudan’ın onu yakalama planları konusunda onu uyarmaya çalışır. Lugia Ash’in uyarısını görmezden gelir ancak Hikoukyu’ya saldırmadan önce Ash’in gitmesine izin verir. Ancak Jirarudan bunun için hazırlıklıdır ve Lugia’ya kuşları yakalamakta da kullandığı elektirkle kaplı bir kafes fırlatır. Lugia nakavt olmuş, denize düşmüştür. Ardından iyileşir ve Hikoukyu’yu yok edene kadar kuşlarla saldırısına devam eder.
Ash denize düşer ama küçük sallarındaki Team Rocket tarafından dışarı çekilir. Misty, Furura ve Kenij kıyıya çıkıp mücadeleyi ordan izlerler. Furura Lugia’nın sadece Hikoukyu’yu yok etmekle kalmayacağını bilyordu. Serbest bırakılırsa dünyayı yerle bir edecekti. Lugia’yı tuzağa düşürmenin tek yolu Furura’nın okarinasını (nefesli bir çalgı) ve bir Master Ball kullanarak onu oraya hapsetmekti. Ash, Furura ve Efsanevi Kuş’ların yardımıyla Lugia’yı tuzağa düşürüp Master ball’un içine hapseder ve bir kez daha günü kurtarır.
